Обеспечение экологической безопасности, охраны окружающей среды и рационального природопользования является одной из важнейших задач Калининской АЭС. Так, в 2019 году на эти цели было направлено 443 млн рублей. В прошедшем году на предприятии была выполнена модернизация насосных станций и насосного оборудования, введена и функционирует система раздельного сбора отходов производства и потребления. Все выпуски сточных вод атомной станции оборудованы очистными сооружениями. Благодаря их эффективной работе объем сброса загрязняющих веществ составил 22,6% от лимита установленного Федеральной службой по надзору в сфере природопользования. Объем выбросов загрязняющих веществ в атмосферу также значительно ниже нормативов и составляет 3,6 % от лимита.

По словам начальника отдела охраны окружающей среды Калининской АЭС Андрея Данилкина, атомные станции являются предприятиями более экологичными, нежели большинство других предприятий энергетической сферы. Доля КАЭС в общем объеме загрязняющих веществ, выбрасываемых в атмосферный воздух тверского региона, составляет менее 0,01%.
Особое внимание крупнейшее энергетическое предприятие Верхневолжья уделяет сохранению численности водных биоресурсов, а также очищению озер от водорослей и моллюсков дрейссены. Так, в 2019 году было проведено искусственное зарыбление озер-охладителей. В водоемы было выпущено более 29 тысяч особей молоди черного амура.
Для повышения экологической эффективности и совершенствования методов управления природопользованием на Калининской АЭС функционирует система экологического менеджмента (СЭМ). В 2020г. инспекционный аудит подтвердил соответствие внедренной на станции СЭМ требованиям национального и международного стандартов, а также ее результативность.
«Подтверждением благополучия экологической системы вокруг Калининской АЭС является и тот факт, что в 30-ти километровую зону предприятия входят 49 охраняемых территорий - из них 16 памятников природы и 33 заказника. На территории Удомельского района зарегистрировано более 220 видов птиц, отмечено 911 видов растений, из которых 68 включены в Красную книгу Тверской области, 7 видов занесены в Красную книгу РФ», - отметил
А. Данилкин.